吴晗对北京的文化教育、学术活动、古籍整理及文物古迹的保护等方面，做出了有失历史学家身份的行为。他的一生有四大过：首先是 1953 年，北京市开始酝酿拆除牌楼，对古建筑的大规模拆除开始在这个城市蔓延。其二，他在整风反右运动中是个反右英雄，是个急先锋。其三，是在他的积极主持下挖掘了明十三陵的定陵。其四，就是他的“海瑞罢官”。
1969 年 10 月 10 日。夜，漆黑。风，瘆人。一股肃杀的气氛缠绕着古城北京某监狱。行将归天的吴晗，苦苦挣扎着不肯离去。
呼吸越来越困难了。他双手紧紧扼住自己的下颚，笨拙的身子在被他的热血浸泡过的干草上急剧地抽搐、颤抖，两条干瘦的小腿伸开、蜷回、又伸开，灵魂在挣脱躯壳的最后时刻是那样不情愿。或许，这颗痛苦的灵魂在彻底绝望之前，还要回到清华园的绿草地、北京市政府那张明净的办公桌前，到定陵那神秘深邃的地宫中再走一趟，向他们一一告别、辞行。
吴晗 1928 年入北京清华大学史学系，1937 年，年仅 28 岁被聘为云南大学文史教授，1940 年到西南大学执教，1943 年加入中国民主同盟，1957 年加入中国共产党。
1949 年北平被中共夺取，吴晗参加接管北大、清华的工作，任清华大学校务委员会副主任、文学院长、历史系主任等职，并参加了开国大典，后历任一、二、三届全国人代表，一届全国政协委员，二、三届政协委员，常务委员、副主席以及全国青联副主席、秘书长、民盟北京市主任委员，民盟中央副主席等职。从 1949 年 11 月起，他还担任了北京市副市长。
吴晗是明史专家，是现代研究明史的开拓者和奠基人，主要著作有《朱元漳传》、《投枪集》、《学习集》、《春天集》、《灯下集》、《吴晗文集入》、《吴晗杂文集》、《海瑞罢官》、《海瑞的故事》、《读史札记》等 100 多种。
但是吴晗对北京的文化教育、学术活动、古籍整理及文物古迹的保护等方面，做出了有失历史学家身份的行为。他的一生有四大过时，分别叙述如下： 首先是 1953 年 5 月，北京市开始酝酿拆除牌楼，对古建筑的大规模拆除开始在这个城市蔓延。时任北京市副市长的吴晗担起了解释拆除工作的任务，为了挽救四朝古都仅存的完整牌楼街不因政治因素而毁于一旦，林徽因的丈夫，我国著名建筑学家梁思成与吴晗发生了激烈的争论。由于吴晗的言论，梁思成被气得当场失声痛哭。其後不久，在文化部社会文化事业管理局局长郑振铎邀请文物界知名人士在欧美同学会聚餐会上，林徽因与吴晗也发生了一次面对面的冲突。
同济大学教授陈从周回忆道：“她(指林徽因)指著吴晗的鼻子，大声谴责。虽然那时她肺病已重，喉音失嗓，然而在她的神情与气氛中，真是句句是深情。”牌楼今日早已随著文化浩劫一同烟消云散，但林徽因当日的金刚怒吼，必将永远环绕在每一名具有良知血性的中国学者心头。
其实，这只是林徽因与吴晗之间，一次面对面的激烈冲突。此前，她的丈夫梁思成因提倡保护北京古城已与北京市政府官方发生多次冲突。
新华社记者王军撰写的《城记》中，披露了围绕“拆牌楼”的争论和动因：1952 年 5 月，北京市开始酝酿拆除牌楼。公安局交管理处认为，大街上的牌楼影响了交通，是导致交通事故的主要原因。这一年，文津街北京图书馆门前发生了一起严重车祸，更是让“拆牌楼”很快地列入了议程。
1953 年 7 月 4 日，北京同意拆除交民巷的两座牌楼。关于帝王庙牌楼，文物部门的意见是最好能够保留，或易地重建。8 月 20 日，吴晗主持会议，讨论北京文物建筑保护问题。
郑振铎说：“如有要拆除的牌楼，最好事先和社会文化事业管理局联系，由中央决定，不应采取粗暴的态度。”但吴晗绵里藏针：“全国性的问题请示中央决定。”
但林徽因的态度很鲜明，坚决反对拆文物，“保护文物和新建筑是统一的。北京的九个城门是对称的，如一旦破坏，便不是本来的基础了。”梁思成也认为，城门和牌楼、牌坊构成了北京城古老的街道的独特景观，这类似于西方都市街道中雕塑、凯旋门和方尖碑等，可以用建设交通环岛等方式合理规划，加以保留。
林徽因、梁思成与吴晗们的争论在持续升级。据当时在国务院的工作人员回忆，梁思成数次在会上被气哭。最后，还是毛泽东的一句话给争论定了性：“北京拆牌楼，城门打洞也哭鼻子。这是政治问题。”
毛泽东当时曾在天安门城楼上说“以后从这个地方望出去，要看到到处都是烟囱。”基于这样的建设思路，彭真曾提出，“天安门可以拆了建国务院大楼，给封建落后的东西以有力一击。”拆与不拆，已不单纯是建筑问题，而是政治问题。
这意味着，梁、林在这场"战斗"中是注定的失败者。
从 1954 年 1 月起，北京牌楼开始被大规模拆除。北京内城原有的 9 座城门，只余正阳门城楼、箭楼、德胜门箭楼，北京外城原有的 7 座城门，则无一遗存。1969 年，内城城墙被尽数拆除。
林徽因是中国第一位女性建筑学家，并参与了中共国一系列重要设计。例如，参与完成国徽设计；为人民英雄纪念碑碑座设计纹饰和花圈浮雕；1952 年，参加中南海怀仁堂的内部装修设计。
病重中的林徽因曾绝望地追问：“为什么我们在博物馆的的玻璃橱里精心保存几块残砖碎瓦，同时却把保存完好的世界上独一无二的古建筑拆得片瓦不留呢？”在抑郁的情绪中，林徽因开始拒绝吃药。1955 年 4 月，她因肺病去世，年仅 51 岁。
林徽因去世约半个世纪后，北京城开始复建中轴线上的永定门，以恢复古都风貌，据称每年投资 1.2 亿。拆掉的永定门又重新建起来了，但在某种程度上，也许正如林徽因所说，“充其量这也只是假古董”。
吴晗失去了文人的骨气，做了政治的应声虫。
其二，他在整风反右运动中是个反右英雄，是个急先锋。1957 年 6 月 11 日，民盟的《光明日报》支部即在吴晗的主持下，率先召开了批判储安平的会议。会上，吴晗厉声说：“过去国民党确实是‘党天下’，储安平现在说共产党是‘党天下’，不但是歪曲事实，且用意恶毒。”并指出储安平之所以有勇气，是由于后面有人支持。他要求所有的《光明日报》的盟员和储安平划清思想界限。
墨存先生几十年后对费孝通先生说，“你记得吗？吴晗在 1957 年‘反右’时期整起别人来不也一样地无情得很吗？”
吴晗 1957 年，7 月 7 日，在全国一届人大四次会议上作了《我愤恨，我控诉!》的长篇发言，火力十足并声色俱厉地讨伐所谓章罗联盟。吴晗控诉道：“章伯钧、罗隆基的反党、反社会主义活动是一贯的，有组织、有部署、有计划、有策略、有最终目的，并且还和各方面的反动分子有配合，异曲同工，互相呼应”，他最后说：“他们一伙是人民凶恶的敌人!”他的发言博得了“长时间的鼓掌”，调门之高令人侧目。
另据李辉在《碑石》中披露，一个与吴晗共事过的文人，一再向他表示过对吴晗的不满，正是吴晗的斗争坚决性使其打成右派，蒙受冤屈，历经磨难达 20 载。罗隆基死于 1965 年，章伯钧死于 1969 年，储安平至今生死不明。李辉表明：在反右运动中，因吴晗愤怒“控诉”而深受伤害的不止一个人。
正因为他在运动中的表现，在这年他被批准加入了共产党。
其三，是在他的积极主持下挖掘了明十三陵的定陵。
1935 年初夏。北平清华园中的古月堂。
即将赴河南安阳殷墟参加田野考古实习的历史系学生夏鼐，和他的同窗好友吴晗踏着绿茵茵的草地在亲切交谈，畅述着自己日后的志愿。夏鼐问打算留校任教的吴晗：“如果由你来选择，你打算挖什么古迹?”以研究明史崭露头角从而成为胡适爱徒的吴晗，不加思索地说：“当然挖明十三陵。”两人相视一笑，握手言别。他们谁也没有想到，20 年后，这次看似无足轻重的闲聊，竟成为现实，并由此引发起一场纷争。
1955 年 10 月 4 日，政务院秘书长习仲勋的办公桌上，平放着一份刚送来的报告： 关于发掘明长陵的请示报告 政务院： 在社会主义建设取得伟大成就的今天，我们的文化事业也得到了飞快发展。为进一步加强和繁荣社会主义文化事业，我们请求对十三陵中的明朝统治者朱棣的长陵进行发掘。 封建统治阶级的帝王，死后陵墓中都有大量殉葬品。朱棣是明朝开国皇帝朱元璋的儿子，他在世时迁都北京，是十三陵的首陵，殉葬品可能多于其他陵墓。通过对长陵的发掘，以活生生的事例与实物，进行历史探索，并可利用这些器物，进一步开展对明朝政治、经济、军事、文化等史实的研究，更好地为社会主义建设服务。 陵墓发掘后，就原址建立博物馆，将出土器物整理陈列。以伟大领袖毛主席提出的“古为今用”的方针，向广大人民群众进行阶级教育，可进一步认清封建统治阶级的反动丑恶面目，加强对伟大社会主义祖国的热爱，同时也可增加首都人民群众的文化生活内容。 当否，请批示。 郭沫若、沈雁冰、吴晗、邓拓、范文澜、张苏 1955 年 10 月 3 日
习仲勋看罢报告，觉得事关重大，立即批转主管文化的陈毅副总理并呈报周恩来总理阅示。
消息传开，文化部文物局局长郑振铎、中国科学院考古研究所副所长夏鼐大惊。当他们得知这份报告的发起人是北京市副市长吴晗时，便急忙前来劝阻并希望其收回报告，一场纷争由此开始。
“出土器物是最可靠的历史资料，我们发掘长陵后，可利用明成祖的随葬器物，进一步开展对明朝政治、经济、军事、文化等史实的研究工作，同时将出土文物整理后，就地成立博物馆，对首都人民进行历史唯物主义教育，增加首都人民的文化生活内容……”郑振铎听罢吴晗的叙述，从椅子上站起身，急不可待地说：“我国目前考古工作的技术水平还难以承担这样大规模陵墓的发掘工作，出土的古物在保存、复原方面的技术也不过关，如此规模庞大的陵墓发掘和出土文物的保存，就连世界上技术先进的国家也会感到头痛……”
未等郑振铎说完，吴晗接着反驳：“全国已经解放五、六年了，有老一辈的考古专家，也有新培育的一批大学生，从人力物力都有条件胜任这项巨大的工程。”
夏鼐见二人难分胜负，便及时地出来为郑振铎助一臂之力。他先是不动声色地望望面前的这位同乡加同学，诙谐地讲道：“老吴，眼下全国都在大规模地搞基本建设，考古人员严重不足，今天西北告急，明天东南告急，我们的人全所出动，配合基建还应付不了局面，又怎能主动发掘皇陵呢?再说出土的许多古物都要保存和复原，这方面的人手更少。你应该从全国考古工作的轻重缓急来考虑问题，不能以明史专家的角度来安排发掘工作。老兄!你已经不再是清华园那个吴晗了啊!”
……整整一个下午，纷争仍无结果。发掘明陵对于主管北京市文化教育的副市长吴晗来说，既然决心已下，就很难有外来的力量予以改变。
郑振铎、夏鼐走后，吴晗怕风云不测，便立即找到郭沫若、邓拓等好友，通过不同的方式在中央领导人面前加紧了对发掘长陵重大意义的宣传和鼓动。与此同时，郑、夏也间接地向中央提出了自己对长陵发掘的不同观点，争论双方都把希望寄托在周总理身上。五天之后，有消息传来，周恩来总理已经作出裁决并在报告上签字——
巨人的抉择，使中国的考古事业揭开了新的一页。同时，有许多意想不到的故事，也要在这一页上书写。
1955 年 12 月初，在吴晗的鼎力主持下，成立了“长陵发掘委员会”。后来因各种原因改为发掘定陵。
定陵发掘了，地下宫殿公开展览了。
1966 年的文化大革命开始了，当那个皇帝和两位皇后的骨架被腾升的烈焰，顷刻化为灰烬的消息传来时，他才清楚地认识到，在 10 年前那场争论中，郑振铎、夏鼐两位铮友的远见。此时，假如郑振铎、夏鼐出现在眼前，他会爬起来抓住他们的手说：“如果那时我能看到今天，也许不会……”
流逝的时光不会再一次到来了。今天，属于他的，只有悲愤和无尽的悔恨……。
其四，就是他的“海瑞罢官”。
学习海瑞精神，本来是毛泽东提倡的。
1958 年，毛泽东看了湘剧《生死牌》，戏的结尾出现了一个人物引起了他的注意，这个人物就是明代的海瑞。毛泽东专门把《明史》找出来看，他对直言敢谏，忠心耿耿的海瑞很感兴趣。
为什么毛泽东又支持批判《海瑞罢官》呢?这个问题不难回答。毛泽东在 1959 年 4 月上海会议上提倡学习海瑞精神，是要党内高级干部为了党的事业敢于讲话，不要怕这怕那。他在 1959 年庐山会议期间更明白地说，他提倡的是“左派”海瑞，不是“右派”海瑞。
毛泽东当时提出来，就是现在啊党内风气不好，说大话，说假话的人多，我们要找一些人敢跟我们党内提意见，他说在历史上啊，这个海瑞就敢提意见，还敢骂皇帝，他说我们怎么这些党员，都不如一个历史上的这个人呢?所以要找人写一写，后来他就说那就找这个研究明史的，就找到吴晗了，所以吴晗就这样子来写海瑞的。
在胡乔木的建议下，吴晗给《人民日报》写的一篇关于海瑞的文章《海瑞骂皇帝》。随后又发表了《清官海瑞》、《海瑞的故事》，《论海瑞》等。 京剧演员马连良看了吴晗的《论海瑞》后，找到吴晗，请他写一个海瑞的戏，吴晗考虑再三决定“破门而出”。
马连良是当时四大须生之一，四大须生：谭言麒马：谭富英，言菊朋，麒麟童(周信芳)和马连良。
吴晗每天熬夜，下班回家以后，稍微迷瞪一会就一直干到半夜 4 点。
经过近一年的写作、修改，完成了剧本的创作，1961 年的 11 月京剧《海瑞罢官》公演，赢得一片叫好。
毛泽东还把饰演海瑞的马连良请到家里吃饭，称赞戏好。沉醉于赞扬声中的吴晗并不知道，他的境遇将会因这出戏而发生变化。
1962 年的时候，江青就找四个部长，副部长谈话，要批这个《海瑞罢官》。后来周总来来找吴晗，然后对他说，人家说你海瑞罢官搞影射，吴晗说没有，周总理说如果没有的话，你写个报告说明一下。
到了 1965 年，周恩来对吴晗的命运又多了一分担忧，一次宴会后，周恩来把吴晗叫到自己的车里，对他说，吴老我给你换个工作怎么样。你原来不是想搞学术研究吗?还是回社科院吧，发挥你的专长，专心干研究，正好你的爱好，可能想躲开这个风口。吴晗傻了吧叽，吴晗说什么，吴晗说：是，是，是可以，我原来就这么想的。
不明就里的吴晗继续他的工作，而此时针对《海瑞罢官》的批判，正在秘密酝酿中。1965 年 11 月 10 日，姚文元在《文汇报》发表《评新编历史剧》。文中称《海瑞罢官》并不是芬芳的香花，而是一株大毒草。姚文元的文章一石激起千层浪。
轰轰烈烈的文化大革命的序曲开始了，吴晗也做了阶下囚。上海的周信芳因演“海瑞上疏”也开始遭到了厄运。马连良于 66 年 12 月 16 日不堪批斗，抄家而自尽，吴晗于 69 年 10 月 11 日死于监狱，周信芳也于 75 年逝于上海。
吴晗一生忠于领袖，忠于党，但他却死在党的监狱里，作为“御用文人”的下场不是令人深思吗？